Malinalco es cabecera municipal con categoría política de pueblo y se divide en 34 localidades: la cabecera municipal, tres pueblos, doce caseríos, 18 rancherías y un fraccionamiento (club de golf Malinalco).
Un pueblo de suma importancia es Chalma: las personas llegan al atrio, cumplen la primera visita, depositan flores, rezan, recorren el convento, se bañan en el río torrentos, después vendrán los cantos y danzas: "Los vaqueros", "Los arrieros", "Moros y Santiagos". Por otra parte, el Santo Cristo Moreno de Chalma aglutina en su comarca a unos de los pueblos más humildes de México, grupos de indígenas que siguen hablando sus lenguas, campesinos, sindicatos de obreros, pequeños comerciantes y proletarios.
Las localidades más apartadas de la cabecera presentan una dispersión importante, razón por la cual es imprescindible buscar la forma para establecer regiones o zonas con características similares y así estar en posibilidades de enfrentar la problemática.
En Malinalco su gobierno se encuentra depositado en un órgano colegiado y deliberante denominado ayuntamiento, el cual se integra por un presidente, un síndico procurador y diez regidores; en la administración actual seis pertenecen al Partido Revolucionario Institucional (PRI), uno al Partido Acción Nacional (PAN) y tres al Partido de la Revolución Democrática (PRD).
Presidente Municipal
Síndico
Secretario del H. Ayuntamiento
Tesorero
Juez
Principales Comisiones del Ayuntamiento
1er. Regidor -Obras Públicas y Desarrollo Urbano
2do. Regidor-Cultura, Educación Pública y Deporte
3er. Regidor-Agua, Drenaje, Alcantarillado y Alumbrado Pública
4to. Regidor-Fomento Agropecuario y Forestal
5to. Regidor-Salud Pública
6to. Regidor-Turismo, Parques, Jardines y Panteones
7o. Regidor-Límites Territoriales Municipales
8o. Regidor-Preservación y Restauración del Medio Ambiente
9o. Regidor-Población y Empleo
10o. Regidor-Mercados, Centrales de Abasto y Rastros
Secretaría del Ayuntamiento
Tesorería municipal
Dirección de Obras
Servicios Públicos y Desarrollo Económico
Contraloría Municipal
Gobernación
Administración
Agua Potable, Alcantarillado y Saneamiento
Como auxiliares del ayuntamiento en el desempeño de sus funciones existen en el municipio 15 consejos de participación ciudadana y 38 comités ciudadanos de control y vigilancia. En apoyo a la adminsitración pública la mayoría de las poblaciones cuenta con delegados electos popularmente; de ese, modo se cuenta en el municipio con un total de 101 delegados; también se cuenta con 14 comisariados ejidales que se involucran en la vigilancia del sistema agrario-comunitario.
Malinalco pertenece al VII Distrito Electoral Local de Tenancingo y al México V Distrito Federal Electoral.